Ola, boa tarde,
isso dependerá da cidade que você está,
Se estiver em Bauru por exemplo, eles tem convênio com o Governo Federal, com isso as notas fiscais de serviço podem ser emitidas pelo emissor Sefaz, usando o sistema nacional de emissão de NF-e,
Já em Botucatu, Indaiatuba e Cidade de São Paulo, a prefeitura mantém um serviço com webservices para validação da nota, dai teria que desenvolver um aplicativo para validação desse tipo de nota.
A empresa AGL (http://www.agl.com.br/sfa.aspx) tem esse serviço para emissão de nota fiscal da prefeitura de São Paulo.
Espero ter ajudado
Atenciosamente
Fabio.
